HYDE 是亲和力的近似评估和可视化的工具。该系统并未针对特定靶标进行训练，而是根据基本的物理原理， 在没有任何加权参数的情况下，将氢键和去溶剂化一致性考虑得出的结果。在先导化合物优化或者其他设计任务中，您可以即时的观察到实际结果。

HYDE 由 BiosolveIT 、汉堡大学和拜尔公司合作开发，并持续改进。

通过指定与新片段生成的键或相互作用，替换给定的骨架并生成新型的实体分子。同时为了速度，我们对片段进行了预处理，并将其集成在“index”片段库中。通过四维向量检索结果并计算匹配情况，在几秒钟内即可完成。片段库中的分子结构由 CCDC 和 PDB 蛋白库中的晶体复合物中的小分子晶体结构文件生成，具有合理的扭转键角和天然构象。

ReCore 由罗氏公司和汉堡大学的合作开发，此后被 BioSolveIT 进行广泛的扩展和功能增强。

基于剑桥晶体数据库中的分子结构数据，对分子中各原子间的距离和扭转角进行了统计学评估。假定扭转角出现的频率和结构的能量相关，并通过不同颜色展示该二面角出现的可能性。绿色表示该二面角在天然构象中出现的频率较高，而红色表示出现的频率较低。

Visual Torsion 由 BioSolveIT 、罗氏公司和汉堡大学的合作开发。

高效预测蛋白质的可结合位点，并将结合位点进行三维的展示。基于启发式模型，Pocket detection在 3D 网格上评估可能的结合部位形状，同时考虑了全局氢键、亲脂性以及溶剂可及表面 (SAS)，可有效地预测药物的结合部位。

Pocket detection 是 DoGSiteScorer 的一部分，由BiosolveIT、汉堡大学和默克公司合作开发的。

FlexX可高效的完成分子对接。这种先进的算法将配体分成若干片段，这些片段被放置在口袋中的多个位置，并使用简单但非常快速的预评分方案进行评分。从放置的 n 种方法中，进一步扩展，进行片段连接，中间结构之间相互评分。得分最高的在整个过程中被保留下来，并将其交付给用户。当化合物缺少极性基团时，“单交互扫描”(SIS) 也能找到解决方案。

理化性质是决定一种化合物是否可能成为候选药物的重要因素。SeeSAR不仅提供了配体和受体之间易于理解的亲和力和物理特性等参数，其集成的 Optibrium 模块还可以进行ADMET性能预测，使用户可以在药物发现的早期阶段评估化合物的ADMET性能，提前预知其毒性和药代问题，从而进行规避。